1187 nämns kyrkan St. Marien för första gången officiellt. Omkring 1280 inrättades dagens altarrum och det södra sidoskeppet. Mellan 1412 och 1439 ersattes långhuset av den treskeppiga hallen varpå tornen byggdes.
Stads- och prästkyrkan St. Marien utanför Wittenberg är en borgarkyrka i vilken reformatorerna Martin Luthers och Johannes Bugenhagens predikade.
Det var här som man för första gången höll gudstjänst på tyska samtidigt som man gav nattvarden till församlingen i form av "två symboler", d.v.s. i form av bröd och vin. Sedan 1535 får de evangeliska prästerna här sin första ordination. Detta betyder att kyrkan är reformationens moderkyrka.